傳說歸傳說，壽山石及田黃石在地質學上總有一定的成因。原來在地質的中生代（距今約2.3億年到6700萬年），在今日福建http://www.zongyi.com.cn/東部的范圍內，曾出現過一次地質大變動，火山大爆發，大量巖漿突破地表形成了沖天的烈焰，伴隨火山噴發帶來大量的酸性氣體、液體，交替分解了周圍巖層中的長石類礦物，將其原先含有的比較活躍的鉀、鈣、鎂和鐵等元素分化，而保留下較為穩定的鋁、硅等元素，這些含鋁、硅元素的溶液，后來重新冷卻結晶成礦，這就是分布在壽山鄉群山中的壽山石諸礦。

      至于田黃石，通行的說法是在數百萬年前的第三紀末期，由于風雨的剝蝕，盛產壽山佳石的“高山”礦脈中的部分礦石從礦床中分離出來散落在溪旁的基礎層上，以后逐步為砂土層所覆蓋。這些礦石埋沒于砂土中，天長日久，表面所含的三氧化二鐵受周圍土壤、水分及濕度等因素的影響，漸漸酸化，使石塊改變了原有的面目，形成了獨具特色的田黃石。

      根據現有的地質學成果，我們知道壽山石的形成是低溫熱液礦，壽山石都是“填充”在花崗巖的縫隙之中的。但是我們目前所見到的田黃石，或其他“掘性獨石”卻都是單一的“壽山石”，而沒有壽山石和花崗石“粘”在一起的石頭。那么，是不是當初有極少的一部分低溫熱液礦未能填充到花崗巖的巖縫中，而是留在地表了呢？只有這樣它們才可能在地殼的變動和風雨的剝蝕下從高山上滾落到山下去。只有這樣我們才可能發現沒有和花崗巖粘在一起的壽山掘性獨石和田黃石。

      我們不知道高山的原始地貌，但從今天的地貌看，高山是一座典型的錐型山峰，如果地殼變遷或風雨剝蝕，高山地表的壽山石原生礦應該往四周滾落下去。可是我們至今只在高山東南面的坑頭溪及其下游壽山溪的流域發現了田黃。而同在高山之下，僅隔坑頭溪數步之遙的大段溪，卻至今沒有發現過田黃。

      從坑頭溪的源頭到壽山溪的下游結門潭，全長八公里，出產田黃石的土地僅為一平方公里。而且即便是“出產”田黃石的地方，也被分之為：上坂、中坂、下坂和碓下坂。四坂所產的田黃也有較明顯的區別，上坂田的田黃質靈色淡；中坂田的田黃質嫩色濃；下坂田的田黃質凝膩，而作桐油色；碓下坂的田黃，質粗硬，色黝暗。為什么同為從高山上滾入田中的母石，會在各坂的水田中有這么大的變化呢？至今我們還沒有得到令人信服的答案。

      前面已經說過了，田黃石的形成是數百萬年的事，而“田”只是人類活動的產物，應該說人類活動產物的“田”對田黃石的外部特征及色澤變化所起的作用不會太大（但因系農民燒稻根做肥料，而造成的“煨紅田”除外），影響它們的應該是日夜浸潤著它的溪水———即和坑頭溪的水質有極大關系。

      據壽山石農介紹坑頭溪的水是非常“利”（音）的，早先人們開采的白色壽山石被廢棄在溪水中，如今表皮已變黃。人類開采壽山石的歷史不過一千數百年，被人類廢棄地頭溪中的壽山石歷史最長也不會超過這個時間，短的可能只有幾十年，在這么短的時間里都會起變化，那么被浸潤數百萬年的田黃石其變化是完全可以想見的。

      我們已經無法知道壽山溪在數百萬年前的原始狀貌，但是就目前人們對上、中、下三坂的劃分，卻是與壽山村的三條溪流有著密不可分的關系。即上坂是坑頭溪流經的地域；中坂是坑頭溪和大段溪匯合后流經的地域；下坂則是坑頭溪和大段溪匯合后又與大洋溪匯合后流經的地域。如果用溪水來解釋田石為什么會有那么大的質地和色澤的差別，好象比較容易理解一些。即上坂田石浸潤的是100%的坑頭溪水，這種水質中某種元素比較濃，所以被浸潤的田石比較通透，顏色較淡；中坂田石浸潤的是50%的坑頭溪水，此時水質的某種元素比較中和，所以被浸潤的田石比較濕潤。顏色也比較飽滿；下坂田石浸潤的是25%的坑頭溪水，此時水質中的某種元素已經較淡，對田石的作用減少，所以被浸潤的田石比較凝膩，顏色也比較黝暗，當然各溪的水流量不盡相同，這里不過是個比喻，或許這樣才能解釋田黃石的成因及上、中、下坂田黃石的區別。

      不過，這里又有一個問題，因為田黃石不光是有通體一色的，外部色黃而內部色淡的，不僅有“金包銀”的，而且還有“銀包金”的，還有烏鴉皮的，這或許是除了溪水浸潤的作用之外，還有一個重要因素，就是每一塊田黃所處的“小環境”的影響。據壽山石農介紹，挖于白砂礫處的田黃多為掛黃皮，挖于黑泥處的田黃多為烏鴉皮，這種說法是否科學，目前無法求證。在田黃石已近絕產，而田黃石產地原始地貌已遭嚴重破壞的情況下，今后可能也無法求證了，只能將此說法做一記載以備參考。